Arlequin3.5是一款专业的人类遗传学数据分析软件,它的主要目的是为群体遗传学的普通用户提供相当多的基本方法和统计检验,以便提取有关人口样本集合的遗传和人口统计特征的信息,从而在允许用户快速选择他们想要对其数据执行的不同分析。你可以通过软件对统计数据中信息的挖掘,可进行AMOVA计算、中性检验、错配分布等。本软件主要为从事医学、生物学研究的用户设计,可以从遗传学和人口统计学数据中挖掘信息,例如:大量的分子序列数据和传统的等基因频率,并提供了很多的方法和统计学检验,能够满足用户多种遗传学分析方便的需求!集成了单倍型频率估计、Tajima中性检验、Fu中性检验以及遗传距离的估计等功能,这样就能够准确有效的对人类遗传学数据进行挖掘。
小编给大家带来了
Arlequin3.5软件绿色版下载,免安装软件,面向所有用户完全免费开放,下载即可打开使用,除去了繁琐的安装操作步骤,给用户在使用软件上提供便利,节省大量时间。软件更重要的是便于携带,可以放在U盘或者其他设备上使用,体积小巧,占用内存空间小,运行速度快,不卡顿不拖慢程序,给你带来一个优质良好的使用体验,保持系统运行稳定,需要的用户欢迎前来下载使用。
功能特色
1、Molecular diversity(分子多态性)
2、Mismatch distribution(错配分布)
3、Haplotype frequency estimation(单倍型频率估计)
4、Linkage disequilibrium(连锁不平衡:检测不同位点上等位基因的非随机关联)
5、Hardy-Weinberg equilibrium(哈温—伯格平衡)
6、Tajima`s neutrality test(Tajima中性检验)
7、Fu`s neutrality test(Fu中性检验)
8、Ewens-watterson neutrality test(Ewens-watterson中性检验)
以上三个中性检验都是基于无限位点模型,适用于DNA sequence 和 RFLP单倍型。
9、Chakraborty`s amalgamation test (Chakraborty`s 融合检验,检测人群的均一性或同质性和中性选择等)
10、Minimu Spanning Network(MSN,最小扩张树或称之为最小支撑树,,基于分子差异)
11、AMOVA 分子差异度分析,用以评测人群的遗传结构
12、Pairwise genetic distances (遗传距离的估计)
13、Exact test of population differentiation (检测随机交配群体单倍型的非随机分布)
14、Assignment test of genotype (通过估计等位基因频率将单个基因型分配到特定的人群中)
更新日志
Arlequin v3.5.2.2更新:
1、新功能:
直接从DNA序列数据计算位点频谱,但仅基于次要等位基因频谱的SFS计算
2、错误更正:
无法打开批处理(.arb)文件
当(假设祖先等位基因0)在一个站点不存在时,SFS计算不良
由arlequin和fastsimcoal2生产的不同SFS(主要用于基于MAF的SFS)
如果文件名超过255个字符,则会出错
在arlequin日志文件中没有提到SFS计算
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